Une AMP est un espace délimité en mer au sein duquel un objectif de protection des habitats et des espèces associées a été défini, objectif pour lequel un certain nombre de mesures de gestion sont mises en œuvre : suivi scientifique, programme d’actions, chartes de bonne conduite, protection du DPM, réglementations, information du public mais aussi surveillance.
Constituent des AMP au sens de l’article L.334-1 du code de l’environnement :
 Les parcs nationaux ayant une partie maritime,
 Les réserves naturelles ayant une partie maritime,
 Les arrêtés de protection du biotope ayant une partie maritime,
 Les parcs naturels marins,
 Les sites Natura 2000 ayant une partie maritime,
 Les parties maritimes du domaine relevant du Conservatoire de l’espace littoral,
 Les zones de conservation halieutique,
 Les parties maritimes des parcs naturels régionaux,
 Les réserves nationales de chasse et de faune sauvage ayant une partie maritime.

La réglementation qui s’applique est également spécifique a chaque type d’AMP :
 Réserve naturelle : Le décret de création d’une réserve prévoit généralement la réglementation des activités. Les décisions de classement peuvent mentionner des dispositions interdisant par exemple l’introduction de végétaux ou d’animaux, les extractions, les activités industrielles et minières… Les espaces classés en réserve naturelle ne peuvent être ni détruits ni modifiés dans leur état ou dans leur aspect, sauf autorisation spéciale du préfet.
 Natura 2000 : au sein d’un site Natura 2000 ou a proximité les projets d’activités font l’objet d’étude d’impact et d’évaluations d’incidences Natura 2000 qui concluront sur la compatibilité de l’implantation du projet vis-a-vis des habitats et espèces de la zone Natura 2000 concernées.
 PNM : Un parc naturel marin n’interdit a priori aucun usage, mais vise a promouvoir l’excellence environnementale et le développement durable des projets, respectant le milieu marin. Les activités pouvant avoir un effet notable sur l’environnement marin du parc naturel marin peuvent être soumises a l’avis conforme du conseil de gestion.
 DPM attribue au conservatoire du littoral : la gouvernance et la réglementation mises en place dans les sites du DPM ne sont pas définies dans les textes, elles le sont au cas par cas selon les enjeux du site et les gestionnaires nommés.
 Arrêté de protection du biotope : c’est une zone de protection forte. Les mesures d’encadrement des activités sont précisées dans l’arrêté.

Cette liste d’AMP est complétée par l’arrêté ministériel du 3 juin 2011, issue principalement des conventions internationales : les sites nationaux inscrits de la convention RAMSAR ayant une partie maritime, les sites du patrimoine mondial UNESCO et les réserves de biosphère, les sites au titre des conventions de mer régionale, OSPAR pour l’Atlantique Nord-Est.
Les AMP n’ont pas les mêmes finalités, ainsi des AMP dont les statuts sont différents peuvent se superposer sur un même territoire.

Ce réseau vise à être renforce par la stratégie nationale pour les aires protégées 2030 (SNAP). Cette nouvelle stratégie, adoptée en 2021, porte l’ambition d’améliorer la qualité de la gestion des espaces protégés, et d’atteindre l’objectif fixe par le président de la République de couvrir au minimum 30% du territoire national et des espaces maritimes sous souveraineté ou juridiction française par des aires protégées, dont un tiers par des zones de protection forte d’ici 2022.

Les zones de protection forte (ZPF) constituent un élément structurant pour renforcer, avec la plus grande fiabilité et rapidité, la préservation d’habitats et d’espèces, et ainsi contribuer a l’atteinte du bon état écologique des eaux marines. Elles sont à mettre en place prioritairement au sein des aires marines protégées existantes, sur les secteurs à biodiversité marine remarquable, identifiés par les stratégies de façades maritimes (volet 1 stratégique du DSF), et dont la préservation est compromise.

Les mesures réglementaires requises pour la mise en place d’une protection forte visent à réduire très significativement ou à supprimer les principales pressions, dues aux activités humaines, s’exerçant sur ces enjeux écologiques remarquables. Les ZPF permettront d’orienter les opérations de contrôle et de surveillance de l’environnement marin : une fois mises en place, les ZPF deviennent des cibles prioritaires au sein des AMP.

On dénombre 67 aires marines protégées (AMP) au niveau de la façade Sud-Atlantique, dont deux parcs naturels marins : le PNM du Bassin d’Arcachon et le PNM de l’Estuaire de la Gironde et de la Mer des Pertuis. Ainsi, 45,2 % des eaux territoriales au droit de la façade Sud-Atlantique sont situées dans un périmètre d’au moins une AMP. Le réseau à l’origine très côtier, a été récemment complété au large.

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Les secteurs géographiques à enjeux
Quatre grands secteurs géographiques ont été identifiés :
 La mer des Pertuis et l’estuaire de la Gironde ;
 Le bassin d’Arcachon ;
 La côte basque et le littoral landais ;
 La zone hauturière ;

La Mer des Pertuis et l’estuaire de la Gironde :
Ce secteur, correspondant au périmètre du Parc naturel marin et marqué par la présence de 7 estuaires, est sous l’influence des panaches fluviaux qui, particulièrement formés en hiver, se déplacent naturellement vers le nord en conditions normales. Ainsi, le panache de la Gironde, plus grand estuaire d’Europe occidentale, affecte la majeure partie du territoire du Parc. Autre originalité du secteur, la présence des pertuis, ces zones côtières abritées par les îles (Oléron, Ré, Aix dans une moindre mesure) et au faible renouvellement des masses d’eau, abritent une richesse écologique majeur particulièrement fragile. Le maintien des services écosystémiques apportés par ce secteur dépend grandement de la qualité et de la quantité des apports en eaux douces ainsi que des activités maritimes et terrestres.

En continuité de grands marais littoraux, les estrans présentent une diversité de faciès : vaseux, sableux et rocheux sur une surface de plus de 500km². La pente quasi nulle des fonds (maximum 50m à 30km du rivage) et le contexte estuarien expliquent la présence de larges baies envasées. Ces vasières assurent des fonctions écologiques essentielles et majeures, grâce notamment à la forte productivité des micro-algues présentes à la surface. À marée basse comme à marée haute, les vasières constituent des zones d’alimentation de nombreux oiseaux d’eau côtiers (limicoles et anatidés) et présentent d’importantes nourriceries (pour les espèces commerciales et patrimoniales).

Parmi les autres habitats les plus remarquables, les habitats particuliers biogéniques comme les prés salés, les récifs d’hermelle et les herbiers de zostère naine occupent des surfaces très importantes à l’échelle de la façade Atlantique (respectivement de 18 %, 30 % et 25%) conférant à ce secteur une responsabilité nationale et mondiale pour leur préservation. Les vasières subtidales dans les Pertuis (prolongation des vasières intertidales) et au large de l’estuaire de la Gironde, mais également les récifs du plateau de Cordouan et au nord-ouest des îles (Oléron, Ré) sont d’une grande importance écologique.

Au cœur du golfe de Gascogne, ce grand secteur constitue un ensemble fonctionnel remarquable d’une haute importance pour les oiseaux marins et côtiers au niveau de la façade atlantique. En associant les parties côtières du continent et des îles, avec leurs zones d’estran et de haute mer, ce secteur est très favorable en période internuptiale aux regroupements d’oiseaux marins et côtiers essentiellement d’origine nordique.

Les poissons amphihalins(esturgeon, anguille, alose vraie et feinte, civelle, saumon, etc.) y accomplissent des étapes primordiales de leur cycle de vie notamment pour leur migration et leur alimentation. La Gironde présente la particularité d’être le seul estuaire de l’ouest européen possédant encore tout son cortège de poissons migrateurs amphihalins (11 espèces), et notamment la dernière population naturelle d’esturgeon européen, espèce en danger critique d’extinction au niveau mondial. Ce secteur est également un secteur important de frayère pour le maigre et pour l’alimentation des prédateurs supérieurs, mammifères marins et tortues. La diversité des formations géomorphologiques confère par ailleurs au secteur une importance halieutique particulière.

Le bassin d’Arcachon
Le bassin d’Arcachon constitue une lagune remarquable par ses paysages et son patrimoine naturel. Cette lagune à marée, l’une des rares d’Europe, est en perpétuel mouvement. Les échanges avec l’océan, les apports d’eau douce et les déplacements de bancs de sables créent une mosaïque de paysages : delta de la Leyre, prés salés, vasières coquillières, chenaux, dunes battues, presqu’île du cap Ferret, îlots sableux dont le banc d’Arguin à l’entrée du bassin, vasières à zostères… Ces divers habitats assurent des fonctions écologiques essentielles : zones de reproduction, de nourricerie, de reposoir, productions biologiques, drainage des eaux, piège à sédiments, recyclage de la matière…
Vers le large, l’ouvert du bassin relie la lagune à l’océan. Véritable « corridor écologique », ce lieu de passage permet à des espèces océaniques comme le phytoplancton ou les juvéniles de soles d’entrer dans le bassin, et à d’autres espèces – telles les anguilles – de poursuivre leur cycle de vie en mer.

La côte basque et le littoral landais
Par ses falaises plongeant dans l’océan Atlantique, la côte basque contraste avec le long littoral sableux des Landes. L’environnement marin du sud du golfe de Gascogne présente une richesse biologique particulièrement importante du fait de conditions océanographiques uniques (gouf de Capbreton, panache de l’Adour) mais également par sa position géographique située en limite de répartition, en zone tempérée, entre des peuplements boréaux (eaux tempérées froides) et méridionaux (eaux tempérées chaudes).

La zone hauturière ;
Encore méconnu, le large se compose de plusieurs zones.

Le plateau aquitain est composé de sables. Ces fonds sableux servent de nourriceries et de frayères pour quelques espèces halieutiques, tel que le merlu, le maquereau, la sardine et l’anchois. C’est également le lieu de vie de nombreux delphinidés. On trouve tout de même quelques particularités géomorphologiques telle que des structures rocheuses carbonatés formées par des émissions de méthane froid au sud (unique en France) et le plateau de Rochebonne.

Au-delà du plateau, la pente continentale, est par endroit entaillée par des canyons sous marins qui se prolongent jusqu’à la plaine abyssale. On trouve dans ses canyons une grande richesse écologique (antipathaires, gorgones, éponges, pennatules…). À l’extrémité sud, le canyon du gouf de Capbreton constitue une particularité au niveau mondial en raison de sa proximité à la côte.
Quant à la plaine abyssale du golfe de Gascogne, les connaissances sont très limitées. On y retrouve de grands cétacés, des delphinidés et certains oiseaux marins.

Au niveau du talus continental, les mammifères marins, comme le grand dauphin ou le marsouin commun, sont très inféodés au talus et a ses canyons. Il s’agit, selon l’Observatoire Pelagis, de zones extrêmement favorables a ces espèces.