La création des parcs naturels marins procèdent d’une initiative nationale : ils ont été créés par la loi nº 2006-436 du 14 avril 2006 et le Décret n° 2006-1266 du 16 octobre 2006. (articles L334-3 et suivants et R.334-27 et suivants du code de l’environnement). Des parcs naturels marins peuvent être situés dans les eaux placées sous la souveraineté de l’Etat et, le cas échéant, en continuité avec celles-ci, dans les eaux placées sous sa juridiction, ainsi que sur les espaces appartenant au domaine public maritime.

Le parc naturel marin est un espace dans lequel coexistent un patrimoine naturel remarquable et des activités socio-économiques importantes, pour lequel est mis en place un conseil de gestion associant les collectivités (et leurs groupements), les socioprofessionnels, les usagers et l’Etat (minoritaire). L’objectif est d’instaurer une approche intégrée de protection de la nature et de gestion durable des ressources.

La façade Sud Atlantique, recense deux PNM en son sein :
1- Le Parc Naturel Marin de l’Estuaire de la Gironde et de la Mer des Pertuis s’étendant sur l’ensemble des pertuis charentais et l’estuaire de la Gironde dont la zone concerne 3 régions, 3 départements et plus de 100 communes littorales. L’ensemble constitue une surface d’environ 10 000 km² de superficie dont 650 km² d’eaux de transition (l’estuaire de la Gironde) et une partie en ZEE.
2- Le Parc Naturel Marin du Bassin d’Arcachon qui s’étend sur l’ensemble du bassin d’arcachon et son ouvert qui constitue une surface de 174 km2.

Les enjeux de la zone « Mer des Pertuis et l’estuaire de la Gironde » intégrée au PNM EGMP :
Ce secteur, correspondant au périmètre du Parc naturel marin et marqué par la présence de 7 estuaires, est sous l’influence des panaches fluviaux qui, particulièrement formés en hiver, se déplacent naturellement vers le nord en conditions normales. Ainsi, le panache de la Gironde, plus grand estuaire d’Europe occidentale, affecte la majeure partie du territoire du Parc. Autre originalité du secteur, la présence des pertuis, ces zones côtières abritées par les îles (Oléron, Ré, Aix dans une moindre mesure) et au faible renouvellement des masses d’eau, abritent une richesse écologique majeur particulièrement fragile. Le maintien des services écosystémiques apportés par ce secteur dépend grandement de la qualité et de la quantité des apports en eaux douces ainsi que des activités maritimes et terrestres.

En continuité de grands marais littoraux, les estrans présentent une diversité de faciès : vaseux, sableux et rocheux sur une surface de plus de 500km². La pente quasi nulle des fonds (maximum 50m à 30km du rivage) et le contexte estuarien expliquent la présence de larges baies envasées. Ces vasières assurent des fonctions écologiques essentielles et majeures, grâce notamment à la forte productivité des micro-algues présentes à la surface. À marée basse comme à marée haute, les vasières constituent des zones d’alimentation de nombreux oiseaux d’eau côtiers (limicoles et anatidés) et présentent d’importantes nourriceries (pour les espèces commerciales et patrimoniales).

Parmi les autres habitats les plus remarquables, les habitats particuliers biogéniques comme les prés salés, les récifs d’hermelle et les herbiers de zostère naine occupent des surfaces très importantes à l’échelle de la façade Atlantique (respectivement de 18 %, 30 % et 25%) conférant à ce secteur une responsabilité nationale et mondiale pour leur préservation. Les vasières subtidales dans les Pertuis (prolongation des vasières intertidales) et au large de l’estuaire de la Gironde, mais également les récifs du plateau de Cordouan et au nord-ouest des îles (Oléron, Ré) sont d’une grande importance écologique.

Au cœur du golfe de Gascogne, ce grand secteur constitue un ensemble fonctionnel remarquable d’une haute importance pour les oiseaux marins et côtiers au niveau de la façade atlantique. En associant les parties côtières du continent et des îles, avec leurs zones d’estran et de haute mer, ce secteur est très favorable en période internuptiale aux regroupements d’oiseaux marins et côtiers essentiellement d’origine nordique.

Les poissons amphihalins(esturgeon, anguille, alose vraie et feinte, civelle, saumon, etc.) y accomplissent des étapes primordiales de leur cycle de vie notamment pour leur migration et leur alimentation. La Gironde présente la particularité d’être le seul estuaire de l’ouest européen possédant encore tout son cortège de poissons migrateurs amphihalins (11 espèces), et notamment la dernière population naturelle d’esturgeon européen, espèce en danger critique d’extinction au niveau mondial. Ce secteur est également un secteur important de frayère pour le maigre et pour l’alimentation des prédateurs supérieurs, mammifères marins et tortues. La diversité des formations géomorphologiques confère par ailleurs au secteur une importance halieutique particulière.

Les activités maritimes sont multiples et constituent de forts enjeux socio-économiques. Il s’agit du premier bassinconchylicole européen et environ 400 navires de pêche professionnelle exploitent une ressource halieutique à forte valeur ajoutée (maigre, sole, bar, seiche, céteaux, etc.). Ce secteur est , en outre, maillé par une soixantaine de ports aux vocations diverses (commerce et industries, plaisance, pêche, conchyliculture) et à l’importance variée (2 grands ports maritimes (la Rochelle et Bordeaux dont les terminaux sont répartis le long de la Gironde, un port à vocation régionale Tonnay-Rochefort, des ports de plaisance majeurs Les Minimes, Royan, etc.). Enfin, secteur touristique connu et particulièrement fréquenté, le plan d’eau et le littoral attractifs du Parc sont le siège de très nombreuses activités de loisirs (plaisance, sports nautiques, pêches de loisir embarquée, du bord ou à pied). Ces multiples activités maritimes, étroitement dépendantes du bon fonctionnement des écosystèmes marins, sont génératrices de nombreuses pressions, directes ou indirectes, sur les espèces et habitats à enjeux de préservation du Parc.

Les enjeux de la zone « Bassin d’arcachon » intégrée au PNM BA :
Le bassin d’Arcachon constitue une lagune remarquable par ses paysages et son patrimoine naturel. Cette lagune à marée, l’une des rares d’Europe, est en perpétuel mouvement. Les échanges avec l’océan, les apports d’eau douce et les déplacements de bancs de sables créent une mosaïque de paysages : delta de la Leyre, prés salés, vasières coquillières, chenaux, dunes battues, presqu’île du cap Ferret, îlots sableux dont le banc d’Arguin à l’entrée du bassin, vasières à zostères… Ces divers habitats assurent des fonctions écologiques essentielles : zones de reproduction, de nourricerie, de reposoir, productions biologiques, drainage des eaux, piège à sédiments, recyclage de la matière…
Vers le large, l’ouvert du bassin relie la lagune à l’océan. Véritable « corridor écologique », ce lieu de passage permet à des espèces océaniques comme le phytoplancton ou les juvéniles de soles d’entrer dans le bassin, et à d’autres espèces – telles les anguilles – de poursuivre leur cycle de vie en mer.

Le bassin d’Arcachon abrite de nombreuses activités maritimes professionnelles et de loisirs. Il est naturellement associé à l’huître ; l’ostréiculture est la principale activité en termes d’emplois. La pêche, professionnelle ou récréative (principalement sole, seiche et bar), est également une activité maritime importante.

La plaisance ne cesse de se développer : Arcachon est devenu le second port de plaisance atlantique. On trouve sur cet espace relativement réduit, plus de 12 000 navires, en grande majorité motorisés (ce qui est assez spécifique au bassin).